T-Coffee
| Tipus | programari lliure  |
|---|---|
| Versió estable | 12.00 (11 desembre 2018)
|
| Ús | ciència, bioinformàtica i alineament de seqüències |
| Llicència | GNU General Public License |
| Característiques tècniques | |
| Sistema operatiu | GNU/Linux i macOS |
| Escrit en | C |
| Equip | |
| Desenvolupador(s) | Cédric Notredame, Centre de Regulació Genòmica - Barcelona |
| Més informació | |
| Lloc web | tcoffee.org |
| Guia d'usuari | Guia d'usuari |
|
| |
T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'alineament múltiple de seqüències que utilitza un algorisme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.[1] Aquesta eina incorpora altres funcionalitats com són la combinació de múltiples alineaments generats per diferents aplicacions M-Coffee,[2] la utilització de plantilles per dur a terme un alineament més acurat, que poden ser l'estructura en format d'arxiu PDB d'una o més proteïnes de l'alineament 3D-Coffee/Expresso,[3][4] el pèrfil d'una seqüència generat mitjançant la combinació d'ella amb altres seqüències homòlogues PSI-Coffee o l'estructura secundària d'ARN no codificants R-Coffee.[5]
Referències
[modifica]- ↑ Notredame C, Higgins DG, Heringa J «T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment». J Mol Biol., 302, 1, 08-09-2000, p. 205–217. DOI: 10.1006/jmbi.2000.4042. PMID: 10964570.
- ↑ Wallace IM, O'Sullivan O, Higgins DG, Notredame C. «M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee». Nucleic Acids Res., 34, 6, 23-03-2006, p. 1692-1699. DOI: 10.1093/nar/gkl091. PMID: 17526519.
- ↑ O'Sullivan O, Suhre K, Abergel C, Higgins DG, Notredame C «3DCoffee: combining protein sequences and structures within multiple sequence alignments». J Mol Biol., 340, 2, 02-07-2004, p. 385-395. DOI: 10.1016/j.jmb.2004.04.058. PMID: 15201059.
- ↑ Armougom F, Moretti S, Poirot O, Audic S, Dumas P, Schaeli B, Keduas V, Notredame C. «Expresso: automatic incorporation of structural information in multiple sequence alignments using 3D-Coffee». Nucleic Acids Res., 34, Web Server issue, 01-07-2006, p. W604-W608. DOI: 10.1093/nar/gkl092. PMID: 16845081.
- ↑ Wilm A, Higgins DG, Notredame C «R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA». Nucleic Acids Res., 36, 9, 5-2008. e52. DOI: 10.1093/nar/gkn174. PMID: 18420654.
