Tale competizione si svolge tradizionalmente mediante un girone unico al termine del quale, in base al posizionamento in classifica viene promossa una squadra nella Serie D (il massimo campionato dilettantistico prima chiamato "Interregionale") e retrocesse una o più in Promozione. Le altre promozioni e retrocessioni vengono decretate da play-off e play-out rispettivamente dal 1994-1995 e 2005-2006, ma almeno nel caso dei play-off la vittoria degli stessi apre la strada ai play-off nazionali che, se vinti, portano alla promozione in Serie D. D'altro canto, il numero di retrocessioni è molto variabile ed è spesso condizionato dal numero di retrocessioni delle squadre pugliesi partecipanti alla Serie D.
Sono 111 i club che hanno preso parte alle 35 edizioni del campionato di Eccellenza Puglia giocate dal 1991-1992 al 2025-2026 (in grassetto le 19 partecipanti al torneo in corso).
2: US Altamura, Aradeo, Ascoli Satriano, Audace Barletta, Campi Salentina, Deghi, Fortis Altamura, Galatone, Latiano, Liberty, Molfetta Calcio (1999)[5], Sava, Tuglie, Victoria Bari, Virtus Francavilla, Virtus Martano
1: Audax San Cassiano, Boys Brindisi, Capurso, Carovigno, Ceglie Messapica, Città di Gallipoli, Fidelis Andria, Japigia, Leonessa Altamura, Leporano, Leverano, Liberty Molfetta, Maruggio, Montalbano di Fasano, Omnia Bitonto, Palagianello, Pro Trepuzzi, Rutigliano, San Pietro Vernotico, Surbo, Taranto, Trinitapoli
↑Sono incluse le stagioni disputate dallo stesso club con i precedenti nomi Real Altamura e Sporting Altamura.
↑Inclusa anche la stagione disputata a Noicattaro con colori sociali rosso e nero ma con denominazione invariata (ufficioso nome generico di "Noicattaro").
↑Escluse le 3 stagioni disputate dalla Libertas Molfetta, con nome differente e di soggetto senza alcun elemento giurico-sportivo in comune con la Molfetta Sportiva cessata nel 1999, né tanto meno dichiaratosi erede.
↑Sono incluse le stagione disputate col nome Sudest Locorotondo.
↑Precedentemente nota come Adriatica Immobiliare Molfetta